2003年8月〜10月に実施された有機農産物の認定生産行程管理者調査によると、調査された有機農産物３３３点中１点（０．３％）について残留農薬が検出されたが、当該農産物の生産行程において農薬は使用されておらず、有機ＪＡＳ規格に従って生産されていた

参照：2004年1月30日 農林水産省プレスリリース http://www.maff.go.jp/www/press/cont/20040130press_3.htm

　有機農産物の認定生産行程管理者である常盤村農業協同組合有機農産物部会（青森県）が、有機農産物でない米について、有機農産物の格付の表示を付していたことが確認されたため、農林水産省は常盤村農協に対し改善を命じた。

参照：2004年1月9日農林水産省プレスリリース
http://www.maff.go.jp/www/press/cont/20040109press_7.htm

　農林水産消費技術センターが有機農産物等の登録認定機関、日本オーガニック農産物協会=ＮＯＡＰＡ（東京都千代田区）に対して臨時監査を実施したところ、同協会副理事長が、検査員の作成した実地検査報告書を改ざんした上で、同協会が基準に不適合である当該申請者（製造業者）の認定を行ったことが判明した。
　農林水産省が同協会に対する処分の検討を行っていたところ、平成１４年１２月２５日付けで同協会より、認定業務を廃止する旨の届出があった。

参照：2002年12月26日農林水産省プレスリリース
http://www.maff.go.jp/www/press/cont/20021226press_4.pdf

　有機認定製造業者のフージーファクトリー株式会社（岡山県邑久郡邑久町・豆腐製造業）は平成１３年１０月から平成１４年３月１８日まで有機でない大豆を使用した製品に有機ＪＡＳマークを不正に付したこと、並びに品質管理の記録及び格付の記録を保持していなかったことにより製造業者としての認定を取り消された。

参照：2002年6月26日農林水産省プレスリリース
http://www.maff.go.jp/www/press/cont/20020626press_2.pdf

　217点の応募作品の中から品質課職員及び（社）日本農林規格協会職員２７名により一次選考を行い、その後、専門デザイナー２名により優秀マークを選考した結果、千葉県市川市の島内泰弘氏の作品を有機ＪＡＳマークと決定した。

　今後は、平成１１年７月に成立した農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律（ＪＡＳ法）の一部を改正する法律に基づき、有機ＪＡＳマーク が付されたものでなければ「有機」の表示ができない。

参照：2000年3月6日農林水産省プレスリリース
http://www.maff.go.jp/work/120306-4.pdf